Малая Нижнеудинская пещера расположена на северо-восток от входа в большую пещеру, на расстоянии не более 100 метров от нее. Вход в эту пещеру имеет ширину 5 метров и высоту около 6 метров. В начальной части входа, на протяжении 4—5 метров, воздух сравнительно теплый к влажный, но затем температура резко меняется и в наиболее удаленных местах становится очень холодно.

В пещере посетителя поражают разнообразной формы и величины ледяные сталактиты и сталагмиты. Коридор Малой Нижнеудннской пещеры в юго-юго-восточном направлении тянется более 100 метров, имея ширину 3—4 метра. Посредине коридора влево отходит щелеобразный извилистый ход, называемый «Проклятой дырой». Длина этого хода около 60 метров, ширина 1 метр я высота 1,5 метра.

Ранее обе Нижнеудинские пещеры, невидимому, вмени соединения, но впоследствии во время неоднократных обвалов коридоры их были засыпаны щебнем.

На стенах Нижнеудинских пещер сохранилось Много надписей, сделанных посетителями. Наиболее древняя надпись относится к 1817 году. В Большой Нижнеудннской пещере сохранилась надпись, сделанная в 1875 году И. Д. Черским. Им же был составлен подробный план пещеры.